A.D.2009，在经历了和巨大异星人Zentraedi(ゼントラーディ)的那场近乎导致人类灭亡的星间戦虽然说，把光脑还给少年以后，他以后每天还是可以用食物来借用一下，但万一在这期间，少年把这台光脑弄坏了，或者被天台上其他人有意或者无意中弄坏了，那可不就麻烦了吗？争之后，幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合，开始了以种族延续为目的的银河播种计划。 A.D.2059人类为寻求可居住的惑星，不断在银河系中探寻新天地。载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(25番)，航行于银河系中心附近。与Frontier临近的21番移民船团Macross Galaxy上在住之现役偶像歌手Sheryl Nome为举行LIVE来到Frontier。Ranka Lee在去Live途中邂逅作为飞行员养成生的Alto，三人的不期而遇，彼此的命运从此相互牵系！而此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！！！
