在昌盛繁荣的古都平安京,百姓却受到妖魔侵扰,为查清背后真相,身兼宫廷乐师的醍醐天只是,如果真的是这样,最近一个月以来,来救济这座城市的飞行器都是从哪里来的呢?是还没有被攻陷的城市?还是母星的军事基地?皇之孙源博雅造访阴阳寮,在此认识了解开此谜团的不二人选:法力高强的阴阳师安倍晴明。他浑身散发一股超脱凡俗的气息,对世事似乎提不起劲,也没什么意愿想帮忙,让博雅碰了个大钉子。然而两人最后还是循线查到罪魁祸首,也将与藏身邪恶阴影中的芦屋道满正面对抗。与晴明和博雅同行的伙伴还有传授博雅笛艺的敦实亲王、天皇的阴阳师贺茂保宪,以及因缘际会之下加入他们的露子姫。一行人的情感在旅途中逐渐错综交织,晴明与博雅能够让都城的老百姓重新安宁度日吗?